Odpadní suroviny lze velice výhodně přepravovat říční dopravou, zejména pokud se jedná o větší množství volně ložitelného substrátu se zdrojem nebo cílem bezprostředně u vodní cesty. Pro přepravy jsou vhodné i speciální kontejnery, přepravované ve větších množstvích. V Praze se vodní doprava nabízí zejména pro ekologický a efektivní odvoz sutí a rubanin z četných staveb v centru města.
Přepravní technologie využívá klasických tlačných člunů s nakládkou na libovolném překladišti ležícím co nejblíže ke zdroji nebo cíli přepravy. Volně ložené substráty lze sypat z pevných nebo mobilních ramp přímo z nákladních automobilů do lodí. Jinak se uplatní klasická překladní technologie, případně u železného šrotu i magnetické jeřáby.