Přeprava kusového zboží i substrátů v kontejnerech představuje jeden z nejprogresivnějších druhů dopravy. Pro většinu zboží, které nepodléhá rychlé zkáze lze při dopravě do severoněmeckých přístavů využít vodní dopravu, nabízející přibližně o třetinu nižší přepravní tarify. Vzhledem k tomu, že do Hamburku lze náklad dopravit i za cca 4 dny, nejedná se o dopravu extrémně pomalou.

Pro přepravu kontejnerů je vhodná většina druhů otevřených člunů a motorových lodí. Problémem jsou nízké podjezdné výšky na českých vodních cestách a nejisté ponory na regulovaném Labi. Pro překládku jsou nejvhodnější speciální kontejnerové jeřáby, lze ovšem v závislosti na místních poměrech použít i univerzální přístavní jeřáby vybavené streamlery nebo mobilní mechanizaci. Záleží samozřejmě především na intenzitě překladu.